Karapınar, Hititlerin yarı bağımsız ve rahip kralları tarafından idare edilirken Truva Krallığı’nın hâkimiyeti altına girmiştir. Daha sonra Frigler, Lidyalılar, Asurlular, Persler, Büyük İskender ve Bizans İmparatorluğunun hâkimiyeti altına girmiştir. M.S. 832’de Abbasi Halifesi Abdullah Memûn, Karapınar ve çevresinin gelirlerini "Medine Vakfı” usulünde bir tür vergiye bağlar. (Bu vergi Selçuklular, Karamanoğulları ve Osmanlılar döneminde de verilir. Fakat II. Abdülhamit Dönemi’nde son bulur.)
Karapınar ve çevresi 1071 Malazgirt Savaşı’ndan sonra 1076 – 1077 yılları arasında Selçuklu İmparatorluğu’nun hâkimiyetine girmiştir. 1096 yılında başlayan Haçlı Seferleri’nde Karapınar'da olumsuz etkilenmiştir. Karapınar, 1308 yılında Karamanoğulları’nın hâkimiyeti altına girmiştir. Fatih Sultan Mehmet’in 1467 yılında Karamanoğullarına son vermesi üzerine Karapınar, Osmanlı İmparatorluğu’nun hâkimiyeti altına girmiştir. 1514 yılında Yavuz Sultan Selim Çaldıran Seferi’ne giderken Karapınar’da konaklamış ve çevrede yasayan halkın isteği üzerine Karapınar’dan geçen ticaret yollarının korunması amacıyla Eski İl’e bağlı “Karabinar” adında bir derbentçi köyü kurulmasını ve Sultan Selim Camii’nin temellerinin atılmasını emretmiştir.
Kanuni Sultan Süleyman’ın oğlu II. Selim’in Konya valiliği sırasında Karapınar’ın imarına önem vermiş, başta Sultan Selim Camii’nin inşasını tamamlatmış ve ilçeye kervansaray, han, hamam, 39 dükkânlı bir bedesten, 2 yel değirmeni ve 5 çeşme inşa ettirmiştir. Karapınar’da II. Selim’in eserleri görülünce buraya Sultanlar Şehri anlamına gelen “Sultaniye” ismi verilmiştir.
1868 yılında Konya’ya bağlı bir ilçe sınıfına geçirilmiştir. Karapınar’da 1882’de belediye teşkilatı kurulmuştur. Cumhuriyet Dönemi’nde (1934) ilçenin ismi “Sultaniye ”den “Karapınar” olarak değiştirilmiştir.
Karapınar, killi ve kumlu topraklarla kaplıdır. Güneydoğu'da Volkanik bir dağ olan Karacadağ ve güneybatıda geniş bozkırlar, krater gölleri ve obruklar görülmektedir. İlçemizde ilginç görünümler taşıyan Acıgöl, Meke Gölü, Meyil, Çıralı ve Obruk gibi Krakter gölleri bulunmaktadır.
Karapınar'daki yeraltı şehirleri ve mağaralar şunlardır: Bacanak Ovası mağarası, Kumsivri Tepesinde Arap hamamı, Meke inleri, Meke tuzlası mağarası, Apak Mağaraları, Yazomca mağaraları, Çıralıgölünde yeraltı şehirleri, Bağdaylı köyü Mağaraları, Kayalı kasabası toprakların mağaralar ve yeraltı şehirleri, Akören köyü Mağaraları ve yeraltı şehirleri.